腎結(jié)核的病原菌主要是來自肺結(jié)核，也可來自骨關(guān)節(jié)結(jié)核、腸結(jié)核等其他器官結(jié)核。結(jié)核桿菌傳播至腎臟的途徑有四：①血行播散：是最主要的感染途徑。結(jié)核桿菌從肺部結(jié)核病灶中侵入血流而播散到腎臟;②尿路感染：實(shí)際上是結(jié)核桿菌在泌尿系統(tǒng)內(nèi)的蔓延擴(kuò)散。為一側(cè)尿路發(fā)生結(jié)核病變后，結(jié)核桿菌由下尿路回流上升傳至另一側(cè)腎臟;③淋巴感染：為全身的結(jié)核病灶或淋巴結(jié)核病灶的結(jié)核桿菌通過淋巴道播散到腎臟;④直接蔓延：是在腎臟附近的器官如脊柱、腸的結(jié)核病灶直接擴(kuò)散蔓延累及腎臟。

大量的實(shí)驗(yàn)研究、尸檢和臨床觀察證實(shí)，血行播散是腎結(jié)核的主要感染方式。結(jié)核桿菌隨血流侵入腎臟。當(dāng)腎臟有一定的敏感性(如局部血循環(huán)障礙、外傷等因素)或細(xì)菌數(shù)量增多形成栓子，則首先在腎外層皮質(zhì)部分的腎小球毛細(xì)血管叢中形成結(jié)核病灶。90%發(fā)生在皮質(zhì)，10%左右發(fā)生在髓質(zhì)。這種外層的結(jié)核是多發(fā)性的，幾乎兩側(cè)同時(shí)累及。但在此時(shí)往往因?yàn)?的全身免疫和局部抵抗力的增強(qiáng)，細(xì)菌數(shù)量和細(xì)菌毒力下降等因素，絕大多數(shù)病例的全部病灶均可愈合而不引起任何病象，也不被發(fā)覺。但在這時(shí)期，可在尿液中查見結(jié)核桿 菌，這種時(shí)期稱為“病理性腎結(jié)核或臨床前期腎結(jié)核”。在腎外層的病灶存在期間，由于當(dāng)時(shí)機(jī)體抵抗力下降、細(xì)菌毒力增加或局部因素等情況，有個(gè)別病灶不愈合而進(jìn)一步發(fā)展，達(dá)到所謂“臨床期腎結(jié)核”。肺結(jié)核病人中約1～2%有這種臨床期腎結(jié)核。在腎外層結(jié)核病灶中僅3～7%發(fā)展到臨床期腎結(jié)核的階段。

一般從無癥狀的臨床前期腎結(jié)核發(fā)展到臨床期腎結(jié)核需要經(jīng)歷較長的時(shí)間，在這一段時(shí)間中肺部或其他器官結(jié)核的原發(fā)病灶可能已經(jīng)痊愈，因此在相當(dāng)部分的腎結(jié)核病人不能發(fā)現(xiàn)其原發(fā)病變。如果臨床前期腎結(jié)核的病灶不愈合則發(fā)生局部擴(kuò)散或沿著腎小管向下蔓延到腎內(nèi)層在髓質(zhì)部分，腎乳頭發(fā)生潰瘍，當(dāng)病灶逐漸擴(kuò)大破潰，即侵入腎盞或腎盂。這種侵入腎內(nèi)層引起臨床腎結(jié)核的病例，85%以上是單側(cè)性病變，雙側(cè)性腎結(jié)核約15%左右。臨床上的雙側(cè)腎結(jié)核，既可直接從早期的雙側(cè)性病理腎結(jié)核發(fā)展而來，也可由一側(cè)腎結(jié)核另一側(cè)假象愈合而以后再發(fā)展而成，也可由一側(cè)性臨床腎結(jié)核經(jīng)尿路感染蔓延到對側(cè)而成。

腎結(jié)核的病理變化與機(jī)體內(nèi)其他器官的結(jié)核病變相同，可分為①結(jié)節(jié)型;②潰瘍空洞型;③纖維鈣化型。早期的臨床前期腎結(jié)核病變?yōu)榻Y(jié)核桿菌在腎小球發(fā)生粟粒樣灰白色結(jié)核結(jié)節(jié)，結(jié)節(jié)中央常發(fā)生干酪樣壞死，周圍為結(jié)核性肉芽組織，由成團(tuán)的上皮樣細(xì)胞夾雜著少數(shù)多核巨細(xì)胞(朗罕巨細(xì)胞)和淋巴細(xì)胞、纖維細(xì)胞等。如病變未能愈合而擴(kuò)張蔓延，則發(fā)展成為臨床期腎結(jié)核。

臨床期腎結(jié)核的病理變化為腎小球內(nèi)的粟粒樣結(jié)核結(jié)節(jié)逐漸擴(kuò)展到腎乳頭處潰破，以后累及腎盞粘膜，形成不規(guī)則潰瘍，病變通過腎盞、腎盂直接向遠(yuǎn)處蔓延或者結(jié)核桿菌由腎臟的淋巴管道擴(kuò)散至全部腎臟。當(dāng)腎乳頭部結(jié)核結(jié)節(jié)中央的干酪樣壞死物質(zhì)發(fā)生液化以后排入腎盂形成結(jié)核性空洞，這種空洞可局限在腎臟的一部分亦可波及整個(gè)腎臟而成為“結(jié)核性膿腎”。這種類型的病理變化在臨床上最為多見。在一部分病人中，若機(jī)體的抵抗力增強(qiáng)，可使干酪樣物質(zhì)濃縮而不發(fā)生液化并引起廣泛的纖維組織增生和鈣化，臨床上稱為“自截腎”或“灰泥腎”。在臨床上雖然病變發(fā)展到鈣化自截階段，但實(shí)際的病理上往往是干酪空洞、纖維萎縮、硬結(jié)鈣化混合存在，在干酪樣物質(zhì)中還可有結(jié)核桿菌存在。

腎結(jié)核病變直接向下蔓延或者病灶中結(jié)核桿菌經(jīng)尿液播散可累及輸尿管粘膜、粘膜下層甚至肌層引起結(jié)核結(jié)節(jié)、干酪樣壞死及潰瘍。繼之發(fā)生纖維組織增生，導(dǎo)致輸尿管腔部分閉鎖，粗細(xì)不均，內(nèi)腔粗糙不平。病變廣泛者可波及全程輸尿管，成為一條僵直索條，使輸尿管縮短，導(dǎo)致膀胱內(nèi)輸尿管口向上內(nèi)縮而呈凹陷的洞穴。

臨床期腎結(jié)核階段結(jié)核侵及輸尿管而管腔通暢尚未閉塞時(shí)期，結(jié)核病變的直接蔓延或結(jié)核桿菌在膀胱內(nèi)接觸播散，均可導(dǎo)致膀胱結(jié)核的發(fā)生。最初引起的是粘膜充血水腫，以后形成結(jié)核結(jié)節(jié)或潰瘍，這種膀胱的早期病變常局限于腎臟病變的同側(cè)輸尿管口周圍，以后擴(kuò)散到整個(gè)膀胱。如病變發(fā)展，可侵入肌層，造成膀胱組織纖維化，使膀胱壁收縮失去彈性，容量減少，最后形成膀胱攣縮，并累及對側(cè)輸尿管和腎臟形成擴(kuò)張積水。